SUPM Pontianak didirikan oleh Pemerintah Daerah propinsi Kalbar pada tahun 1971 den- gan status SUPM Daerah dibawah binaan Dinas Perikanan Propinsi Kalimantan Barat yang semula berlokasi di Sei Raya, kota Pontianak.  Pada tahun 1986 dengan adanya bantuan Bank Dunia untuk mendirikan  Kampus Baru  maka   diserahkan kepada pemerintah pusat (Departemen Pertanian) sehingga statusnya menjadi Sekolah Per tanian Pembangunan (SPP) Negeri Pontianak Berlokasi di Jl. Pembang unan Nipah Kuning Pontianak, Kabupaten Kubu Raya, Kalimantan Barat dengan luas  lahan ±  4,6  Ha. 

Setelah terbentuknya Departemen Kelautan dan  Perikanan pada tahun 2000 dari Dept. Pertanian menyerahkan kepada Dept. kelautan dan Perikanan sebagai UPT (Unit Pelaksanaan Teknis) Pusat Pengembangan SDM Kelautan dan Perikanan, seiring dengan hal ini SPP berganti nama menjadi SUPM Negeri Pontianak hingga sekarang.

Pada tahun 1991 memperoleh hibah tanah untuk lahan Praktek Budidaya Air Tawar yang berlokasi di Desa Pak Bulu, Kec. Anjongan, Kab. Mempawah, yang luas lahannya mencapai 8 ha. Serta Lahan Budidaya Air payau yang berlokasi di Sei. Purun seluas ± 4 ha.